学术前沿胃癌诊断新方法ctDNA甲

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导读

胃癌是全球第五大常见癌症,是癌症死亡的第三大原因,目前胃癌主要诊断方法是胃镜检查。为了开发准确、无创的胃癌检测方法,美国罗彻斯特市梅奥医学中心的BradleyW.Anderson教授开展一项胃癌诊断相关的DNA甲基化研究。

BradleyW.Anderson教授及其团队通过三个阶段的研究,筛选出胃癌诊断相关的DNA甲基化位点。研究设计思路及结果如图1所示:

图1.研究设计思路及结果

第一阶段,位点发现。研究人员通过对14个胃腺癌组织和42个对照组织进行RRBS测序、统计学筛选和qMSP检测,从多万个DNA甲基化位点中,筛选出16个DNA甲基化区域作为候选DNA甲基化标记物(MDMs)。

第二阶段,位点验证。研究人员对两组(美国组:35个胃腺癌样本、35个对照样本,11个胃上皮化生样本和20个胃肿瘤样本;韩国组:50个胃腺癌样本)组织样本中进行qMSP检测,验证16个候选MDMs用于胃癌诊断的性能。

单个MDM的分析结果显示,在美国组中,差异性前十MDMs的AUC值各不相同,其范围为0.95~0.98,在韩国组中的AUC值范围为0.66~0.96。

MDMs组合(16个MDMs)的分析结果显示,当特异性为90%时,美国组的胃腺癌检出率为%,韩国组为94%。当特异性为%时,美国组的胃腺癌检出率为%,韩国组为92%。

第三阶段,血浆样本测试。根据组织学验证结果,研究人员选择12个MDMs(11个位点验证的MDMs和1个对照MDM)用于血浆样本测试,对36名胃腺癌患者和38名对照的血浆样本进行QuARTS检测。差异性前三的MDMs(ELMO1、ZNF、C13orf18)的ROC曲线显示,MDMs组合(3个MDMs)的胃腺癌诊断效果优于单个MDM(图2)。

图2.ELMO1、ZNF、C13orf18单个MDM和MDMs组合的ROC曲线

MDMs组合(ELMO1、ZNF、C13orf18)的性能分析结果显示:

当特异性为95%和%时,胃腺癌检测的灵敏度分别为86%和83%;

当特异性为%时,AJCCI期、II期、III期、IV期胃腺癌检测的灵敏度分别为50%、92%、%、%;

当特异性为95%时,肠型胃腺癌检测的灵敏度为82%(14/17),弥漫性胃腺癌检测的灵敏度为89%(17/19)。

通过三个阶段的研究,筛选出可用于胃腺癌诊断的高灵敏度、高特异性的血浆DNA甲基化标记物组合(ELMO1、ZNF、C13orf18)。该研究可能为胃腺癌患者提供一个无创、准确的胃腺癌检测方法,但还需进一步的临床研究验证。

缩略词

MDM:DNA甲基化标记物(MethylatedDNAmarker)

RRBS:简化代表性亚硫酸氢盐测序法(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing)

qMSP:甲基化特异性定量PCR(Quantitativemethylation-specificPCR)

QuARTS:QuantitativeAllele-specificReal-timeTargetandSignalamplification

参考文献

AndersonBradleyW,SuhYun-Suhk,ChoiBorametal.DetectionofGastricCancerwithNovelMethylatedDNAMarkers:Discovery,TissueValidation,andPilotTestinginPlasma.[J].Clin.CancerRes.,.

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